質問にお答え

大人と子供と心が違うことを以前から何回も申し上げております。
心が元気な子供なら
>部屋に入るときは、ノックをして、名前を読んでから部屋に入るのですが、
心が辛い子供では、部屋に入ってくるなら、親が自分を信頼していない、親が自分を責めに来たと、意識はしませんが、情動で反応をします。
お子さんを信頼して、お子さんはお子さんの部屋の中でやれることをして心のエネルギーを高めるのが、不登校引きこもりへ対応の第一歩です。

>寝ていたり、横になっていたり、スマホを見ていたりします。
自然態として良い姿です。常識に反しますが。

スマホを見ているとき私が入ると、スマホを隠します。
つまり素直なお子さんでいられない、御母様かあの否定を予想しているのです。

>完全に隠してわからなくなっているときは、そのことについて何も言いません。
元来、心が辛い子供へ母親は、見ない、言わない、笑顔でなければならないのに、御母様の以下の質問は息子さんの姿を疑う、否定する対応になります。

>見えているときは、「何を聴いていたの?」と聞くのですが、
>隠さなくていいんだよ、と思うので、そういう意味で聞いてしまいます。
隠さなくてもいいんだよ、でなくて、何をしていても楽しければいいんだよ、です。息子さんなりに御母様に内緒で楽しいことを探している可能性もありますから、隠したことに一切触れないでください。息子さんなりに隠すのに意味が合うからです。

>でも、見ない、言わない、笑顔だから、聞くことはよくないのでしょうか。
そうです。上記でもせつめいしています。

>そのあと、「好きなことをしていいんだよ。大好きだからね。」と言います。
息子さんに質問をすると言うことは好きなことをしていていいんだという意味になりません。御母様に関しさえていると感じます。

>隠すということは、安心できない、信頼していない、ということなのでしょうか。
そうです。

>信頼してもらうために、共感スキンシップ以外は、全て、見ない、言わない、笑顔をしたほうがいいのでしょうか。
御母様の質問の範囲では、その通りです。